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Eine riesige Energiewolke mit zerstörerischer Kraft fliegt auf die Erde zu. Das soeben generalüberholte Raumschiff Enterprise wird damit beauftragt, die drohende Gefahr zu bannen. Admiral Kirk, der frühere Kommandant des Raumschiffes, lässt sich die Befehlsgewalt über die Enterprise zurückgeben. Daraus entsteht eine permanente Rivalität mit Captain Decker, dem regulären Kommandanten.
Auf dem Planeten Vulcan versucht Spock, ein früheres Besatzungsmitglied der Enterprise, eine Technik zu meistern, die ihm die vollkommene Unterdrückung von Emotionen ermöglicht. Plötzlich kann er die Präsenz der Wolke spüren und erkennt diese als ein fremdes Bewusstsein. Er begibt sich daher auf den Weg zur Enterprise und trifft dort kurze Zeit später ein.
Das Raumschiff ist bald bei der Wolke angelangt und fliegt hinein. Im Inneren findet man eine viele Kilometer große Konstruktion, welche offenbar die Energiewolke erzeugt. Plötzlich wird der Navigationsoffizier, Lieutenant Ilia, auf der Enterprise von einer Sonde aufgelöst und durch eine Maschine ausgetauscht, die eine exakte Kopie Ilias darstellt. Diese ist das Sprachrohr der fremden Entität. Man erfährt, dass diese sich „V’ger“ nennt und auf der Suche nach ihrem Schöpfer ist, den sie auf der Erde zu finden glaubt. Spock erkennt, dass V’ger über ungeheures Wissen verfügt, aber Emotionen nicht verstehen kann.
Auf einer Plattform inmitten der Wolke, die schon bald darauf die Erde erreicht hat, findet die Mannschaft V’ger, eigentlich „Voyager 6“, eine von der NASA im 20. Jahrhundert gestartete Sonde, deren primäres Ziel es war, alles Wissen des Universums zu sammeln (durch die lange Reise der Sonde sind einige Buchstaben unkenntlich geworden, sodass nur noch „V’ger“ zu lesen ist). Auf ihrem Weg ist sie zu einer Maschinenzivilisation gelangt, die den Auftrag der Voyager-Sonde wörtlich nahm und mit ihrer Technik Voyager zu dem weiterentwickelte, was V’ger darstellt. V’ger hatte ihre Reise fortgesetzt, bald alles Erlernbare gelernt und sich deshalb auf den Weg zurück zur Erde begeben, um das gesammelte Wissen dem Menschen als ihrem Schöpfer zu überbringen.
Als V’ger versteht, dass der Mensch ihr Schöpfer ist, verlangt sie Antworten nach dem Sinn der Leere ihrer Existenz, die nichts als Logik kennt. Decker, der Ilia liebt und deren Wesen noch in der Maschine sehen kann, will V’ger das Wesen des Mensch-Seins offenbaren, indem er V’ger anbietet, eins mit ihr zu werden. Die Ilia-Sonde und er beginnen, sich in leuchtende Energie aufzulösen. Ein neues Wesen entsteht, die Wolke verschwindet.
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